Università degli studi di Pavia
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Corsi 2013
ELENCO DEGLI INSEGNAMENTI DISPONIBILI PER IL DOTTORATO IN SCIENZE CHIMICHE (A. A. 2012-2013)Modellistica di Proprietà e Reattività Molecolari. Una Guida Operativa allo Strumento Computazionale
Docente: M. Freccero
Il corso si prefigge di fornire alcuni fondamenti teorici per la valutazione dei metodi di calcolo piu' opportuni per risolvere problematiche chimiche in fase gassosa ed in solvente, e di applicarli attraverso esempi ed esercitazioni pratiche. Utilizzando i pacchetti software piu' aggiornati nel campo del calcolo ad alte prestazioni (Gaussian g03, Amber 7, GAMESS-US), verrà fornito il supporto tecnico e scientifico in simulazioni di proprietà e reattività molecolari.
In maggiore dettaglio verrà descritto:
1) la costruzione di una serie di "inputs" e l'analisi dei corrispondenti "outputs" di calcolo
2) l' ottimizzazione di geometrie molecolari nello stato fondamentale
3) L'esplorazione di superfici di energia potenziale di reazione, con la caratterizzazione dei punti stazionari (reagenti, prodotti, intermedi, stati di transizione)
4) Previsione di parametri cinetici e termodinamici di reazione
5) Simulazione di spettri IR
6) Valutazione della solvatazione e di effetti solvente in genere (mediante modelli PCM)
7) Calcolo di basicità e acidità di molecole in solvente
8) Problematiche relative alla reattività di specie open shell.
Testi consigliati:
1) Essential of Computational Chemistry. Theory and Models. Christopher J. Cramer. Ed. Wiley. Second Edition. Ed. Wiley 2004.
2) Computational Organic Chemistry. Steven M. Bachrach. Ed. Wiley 2007.
Durata del corso: 24 ore.
Prova Finale: breve relazione scritta relativa ad una simulazione computazionale di proprietà e reattività molecolari.
Storia della Chimica nei secoli XVIII e XIX
Docenti: P. Ferloni, G.G. Mellerio, F. Sartori
Il corso svolgerà argomenti di storia della chimica nei secoli XVIII e XIX, con l’ approfondimento di temi visti con approccio interdisciplinare in diverse aree scientifiche, tra cui la storia della botanica e delle scienze biologiche e mediche, in particolare nella Università di Pavia.
Le lezioni saranno tenute dalle ore 16 alle 18 nell’auletta di Chimica Generale, al 1° piano del Dipartimento di Chimica Generale, vicino alla Segreteria.
Il calendario e il programma del corso si articolano come segue:
Introduzione al Corso. Questioni di metodo P. Ferloni 4 febbraio
Tra alchimia, metallurgia e chimica: evoluzione fino al XVIII sec. P. Ferloni 5 “
Sviluppo della Botanica nel sec. XVIII F. Sartori 7 “
La Chimica tra Botanica e Farmacia nel secolo XVIII G.G. Mellerio 8 “
La Chimica tra illuminismo e impero G.G. Mellerio 11 “
La Botanica tra XVIII e XIX secolo F. Sartori 12 “
Carlo Erba e l’ industria farmaceutica in Lombardia G.G. Mellerio 13 “
La Chimica nel XIX secolo G.G. Mellerio 15 “
La figura di D. I. Mendeleev P. Ferloni 18 “
Sviluppi della Chimica farmaceutica nel XIX secolo G.G. Mellerio 19 “
Considerazioni conclusive P. Ferloni 20 ore14
Visita guidata al Museo per la Storia della Università P. Ferloni, G.G. Mellerio 21 ore 15
Visita alla collezione farmaceutica di Palazzo Botta P. Ferloni, G.G. Mellerio 25 ore 15
Lettura utile: Salvatore Califano, Storia della Chimica. Vol. I. Dall’ alchimia alla chimica del sec. XIX, Bollati Boringhieri, Torino 2010
Durata del corso: 26 ore
Prova finale: esame orale
Nuovi approcci per il Targeting selettivo di acidi nucleici
Docente: Dott. Filippo Doria
Locandina
Il corso si propone di trattare in maniera approfondita i più moderni metodi di progettazione e sintesi per leganti selettivi di acidi nucleici organizzati in specifiche strutture secondarie.
Nella prima parte del corso, varranno affrontate le problematiche riguardanti i metodi di progettazione razionale di modellistica molecolare. Trattasi di studi computazionali utilizzati sia per l’individuazione delle varie conformazioni del target che la scelta dell’opportuno legante da sintetizzare. Nella seconda parte saranno illustrati alcuni esempi di “Engineering” di leganti selettivi per acidi nucleici mediante sintesi organica, sfruttando nuovi approcci di sintesi templata, DCC (Dynamic Combinatorial Chemistry) e PNA-synthesis. Infine il corso è completato da una panoramica delle applicazioni biologico-farmacologiche che tale chimica da riconoscimento permette.
Calendario:
6 Febbraio: 16:00-18:00
Filippo Doria “General introduction on selective DNA targeting ”
14 Febbraio: 14:00-18:00
1. Claudia Sissi "Non-canonical DNA structures as new therapeutic target"
2. Marco Di Antonio "Developing Nucleic Acids-Based Chemical Genetics"
3. Stefano Alcaro "Targeting the G-quadruplex nucleic acids by means of small molecules"
20 Febbraio: 16:00-18:00
Daniela Verga "Targeting G-quadruplex structures by Selective non-Covalent and Covalent Ligands"
7 Marzo: 16:00-18:00
Filippo Doria “Engineered Naphtalene diimide as Hybrid ligand/alkylating agents targeting G-Quadruplex structure”
14 Marzo: 16:00-18:00
Filippo Doria “Selective fluorescence probe for DNA tagging”
20 Marzo: 16:00-18:00
Sylvain Ladame
